深度 | 为什么基因组测序结果对此次爆发如此重要?

作者: Sophia   日期:2021-08-19 12:30 阅读:  来源:天维网编译  
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【天维网综合报道】新西兰科学记者Jamie Morton认为,基因组测序的结果可能对这次新西兰疫情的规模以及封城的时间产生至关重要的影响。

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什么是基因组测序?

基因组测序可以创建一种感染人类病毒的“基因指纹”,可以帮助公共卫生官员通过基因序列解开与疫情有关的不同病例。

我们可以把整个基因组想象成一盒拼图,所有这些拼图构成了地球上任何生物的基因谜团。

我们自己的盒子里有22条成对的染色体,还有第23条染色体对我们的性别进行分类。它是由DNA的双螺旋或脱氧核糖核酸构成的,包含大约30000个基因,以及帮助将DNA链固定在一起的30亿个化学碱基。

甚至导致新冠病毒的SARS-CoV-2病毒也有自己的拼图。但它的不同之处在于它由核糖核酸或RNA组成,所以是单链而不是像DNA一样的双链。

毫不奇怪,它远没有我们的基因复杂:它只包含30000个碱基,组成15个特定基因。

科学家们通过一个称为测序的过程将这些谜题拼凑在一起,或者算出基因组中碱基的顺序,然后将它们拼装起来,以获得生物体DNA的完整图像。

到目前为止,基因组测序是如何帮助我们的?

例如,在新西兰第一波新冠病毒感染中,科学家对649例不同病例的基因组进行了测序,以揭示来自世界不同地区的近300种不同的引种。

后来,在奥克兰8月的疫情爆发中,基因组测序以及接触追踪等其他工具迅速帮助官员实时将感染链联系起来。

由于迄今为止新西兰的阳性病例数量相对较少,科学家们一直在对通过MIQ进入新西兰的每个阳性病例的样本进行测序。这有助于将所有进入社区的病例联系起来。

在本次社区确诊中,到目前为止,基因测序已经告诉我们,新西兰面对的是Delta变异株,而且该菌株来自澳大利亚新南威尔士州,在那里也进行了大量测序。

科学家们还将对此次疫情中出现的阳性病例的基因组进行测序,以帮助追踪。

我们在等待什么结果?

今年8月,新西兰MIQ只有三例来自悉尼的阳性病例,科学家们已经迅速对这些病例的样本进行了基因组测序。

对于快速或紧急样本,ESR通常可在24小时内得出结果。

如果这些病例中有一例与目前的疫情有关,这将使官员们将社区病例与边境建立起明确的联系,并缩小对感染链的搜索范围。

Te Punaha Matatini建模师Dr Rachelle Binny说:“如果接触追踪和基因组测序能够确定病毒首次从新南威尔士州泄漏到新西兰的时间,那么我们将能够更好地估计这些新病例的传播链到底有多远,以及可能还有多少其他社区病例。”


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